Lúc đó vào khoảng  6 giờ sáng cùng ngày, tàu khách SE25 kéo theo 13 toa hướng từ Hà Nội về ga Sài Gòn do trưởng tàu tên Bằng và lái tàu Thịnh điều khiển. Đoàn tau này dự kiến sẽ tránh nhau với tàu hàng ASY2 tại ga Dầu Giây. 

Thời điểm trên, ga Dầu Giây thông báo cho nhân viên điều độ chạy tàu SE25 được phép thông qua ga lúc 5h59. Tuy nhiên trong chốc lát nhà ga đã phát hiện hai tàu đang lưu thông ngược chiều nhau nên đã quan gọi điện thông báo, yêu cầu 2 tàu giảm phanh và dừng lại trong thời gian sớm nhất có thể. Rất may, khi 2 đoàn tàu chỉ còn cách nhau chừng 10 mét đã kịp dừng lại hẳn. 

Dù sự cố chưa gây ra hậu quả đáng tiếc, nhưng đây là sự cố mang tính chất rất nghiêm trọng. Nếu 2 đoàn tàu không được thông báo phanh gấp để dừng lại kịp thời, sự cố sẽ gây hậu quả khôn lường. 

Ngay trong buổi sáng cùng ngày, ngành đường sắt đã điều động cán bộ, nhân viên kỹ thuật cao tới hiện trường để phối hợp với cơ quan chức năng điều tra nguyên nhân sự cố trên. 

Sau khi sự cố xảy ra, đoàn tàu khách đã được kéo trở lại ga Dầu dây để tránh tàu hàng và tiếp tục hành trình về ga Sài Gòn sau đó.